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Als Philosoph in Halle gehört Budde (1667-1729), neben Christian Thomasius, zu den führenden Vertretern der frühaufklärerischen Kritik an der Verpflichtung der Philosophie auf die aristotelische 'Sekte' und der Entwicklung der eklektischen, das eigene Urteil vorbehaltenden Methode der Philosophie. Dieses Programm realisierte Budde auf der Grundlage polyhistorischer Gelehrsamkeit und in der Absicht, zu weltkluger Moralität auszubilden. Als Eklektiker stand Budde in Opposition nicht nur zur bisherigen philosophischen, propädeutisch auf die Theologie bezogenen Scholastik, sondern bald auch (zumal als Theologe in Jena) zu Christian Wolffs systematischer, erneut auf metaphysische Totalität zielende Philosophie. Von dieser eine Zeitlang an den Rand gedrängt, hat Budde gleichwohl große Bedeutung für die Entwicklung der philosophischen Aufklärung in Deutschland, nicht zuletzt durch seine Schüler J. G. Walch und J. J. Brucker. Budde begründete in Jena auch einen neuen, von der bisherigen Orthodoxie, aber auch vom zeitgenössischen Pietismus verschiedenen Typ von Theologie, der früher als 'Übergangstheologie' bezeichnet wurde. Tatsächlich handelt es sich um die bis weit ins 18. Jahrhundert an den meisten protestantischen Universitäten Deutschlands rezipierte (sogar in Osteuropa angesehene) Gestalt einer prinzipiell konfessionellen Theologie, die jedoch religiös-praktisch reformerisch sein und theoretisch den neuen Standards von Wissenschaftlichkeit gerecht werden will, die insbesondere der philologischen und historischen Prüfung normativer Ansprüche verpflichtet ist. Buddes Werke wurden schulbildend (J. G. Walch; J. L. von Mosheim), aber auch, zum Teil übersetzt, öffentlich wirksam; dies vor allem kraft ihres neuen, fundamentaltheologischen Gebrauchs des Religionsbegriffes und kraft einer polyhistorischen Gelehrsamkeit, die eine im wesentlichen lutherische, im einzelnen aber flexible, auf religiöse Aneignung und moralische Wirksamkeit achtende Interpretation der dogmatischen Tradition erlaubte.