Amylopektin ist ein Hauptbestandteil (70–80 %) der natürlichen pflanzlichen Stärke, z. B. der Mais- oder der Kartoffelstärke.
Das Polysaccharid Amylopektin besteht aus mehreren tausend (>2000) D-Glucose-Monomeren, die α-1,4-glykosidisch miteinander verbunden sind. Etwa alle 26 Monomere erfolgt eine α-1,6-glykosidische Verknüpfung, wodurch eine baumartige Verzweigung entsteht. Amylopektin hat somit nur ein reduzierendes Ende. Aufgrund dieses Unterschiedes in der Struktur bildet Amylopektin auf molekularer Ebene Knäuel-, bzw. Verzweigte Strukturen aus, die Verzweigungspunkte liegen hauptsächlich am C6 Atom.
Bei der Iodprobe mit Iod-Kaliumiodid-Lösung (Lugolsche Lösung) ergibt sich eine Rotfärbung.