Christoph Johannes Markschies (* 3. Oktober 1962 in Berlin-Zehlendorf) ist ein deutscher protestantischer Theologe (Kirchenhistoriker) und seit 2006 Präsident der Humboldt-Universität zu Berlin.
Markschies studierte evangelische Theologie, klassische Philologie und Philosophie in Marburg, Jerusalem, München und Tübingen und veröffentlichte seine Dissertation 1991. 1994 habilitierte er sich und wurde 1995 Professor für Kirchengeschichte an der Friedrich-Schiller-Universität Jena. Im Herbst 2000 wechselte er an die Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg und hatte dort den Lehrstuhl für Historische Theologie inne. Im Jahr 2001 erhielt er den Leibniz-Preis. Seit 2004 hat er den Lehrstuhl für Ältere Kirchengeschichte (Patristik) an der Humboldt-Universität zu Berlin inne.
Christoph Markschies ist u.a. ordentliches Mitglied der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften und als Sekretar der geisteswissenschaftlichen Klasse zudem Mitglied des Vorstands der Akademie. Weiter gehört er den Akademien der Wissenschaften zu Erfurt und Heidelberg an und ist Mitglied der europäischen Akademie der Künste und Wissenschaften. Er leitet die Akademieunternehmen „Griechische Christliche Schriftsteller“ und das „Turfan-Unternehmen“ des Langzeitvorhabenprogramms der Union deutscher Akademien, ist Senator der Leibniz-Gemeinschaft, Mitglied des wissenschaftlichen Beirates der Fritz Thyssen Stiftung und diverser weiterer Beiräte wissenschaftlicher Institutionen. Er war Fellow des Wissenschaftskollegs zu Berlin und Mitglied seines wissenschaftlichen Beirates, zweimal Fellow des Institute for Advanced Study der Hebräischen Universität Jerusalem und lehrt seit 1996 regelmäßig auch dort. Als ordinierter Pfarrer predigt er regelmäßig in Berlin.
2005 schlug ihn eine Findungskommission zur Nachfolge des zurückgetretenen HU-Präsidenten Jürgen Mlynek als neuen Präsidenten vor. Das Kuratorium der Universität hat ihn daraufhin am 23. September 2005 als Nachfolger vorgeschlagen. Am 1. November 2005 wählte ihn das Konzil der Universität im ersten Wahlgang mit 47 der abgegebenen 54 Stimmen (vier ungültige Stimmen, drei Gegenstimmen) zum neuen Präsidenten. Seine Amtszeit begann am 1. Januar 2006, Markschies war zu dieser Zeit Deutschlands jüngster Universitätspräsident.
Markschies Amtsführung ist umstritten. Sie soll zum Rücktritt der Vizepräsidentin Susanne Baer geführt haben, die vorher autoritäre Tendenzen durch den Präsidenten beklagte. Zudem wird die Rücknahme der anfänglich erteilten Genehmigung der Aufführung des Films Loose Change seitens der Humboldt-Universität zu Berlin kritisiert. Die Dokumentation im Kinosaal der Hochschule wurde nicht aufgeführt, da nach Aussage des Präsidiums die Voraussetzungen einer Genehmigung (Forschung und Lehre oder hochschulpolitisches Interesse der Studierenden) entgegen dem Antrag nicht vorlag. Zusätzlich wurde die Genehmigung der Rosa-Luxemburg-Konferenz im Herbst 2006 plötzlich ohne Nennung besonderer Gründe zurückgezogen. Die Konferenz fand in den Vorjahren immer wieder in den Räumlichkeiten der Humboldt-Universität statt.