Freiherr Franz von Mercy (* 1590 (?) in Longwy, Lothringen; † 3. August 1645 in Alerheim) war ein Feldherr in Diensten der Katholischen Liga, der im Dreißigjährigen Krieg kämpfte.
Mercy stammt aus einer lothringischen Adelsfamilie und ist der Sohn von Franz d.Ä. von Mercy. Sein Bruder war der kurbayerische Generalwachtmeister Kaspar von Mercy. Verheiratet war Franz von Mercy mit Anna Margarethe, einer Tochter des Landvogt von Ortenau, Johann Rainer von Schauenburg. Er trat 1606 in das habsburgische Heer ein, wo ihm der Aufstieg zum Obristwachtmeister gelang. 1631 nahm er an der Schlacht bei Breitenfeld teil und war seit 1634 mit seinen Truppen im südwestdeutschen Raum militärisch aktiv. 1636 verteidigte er Breisach gegen ein protestantisches Heer unter Bernhard von Sachsen-Weimar. 1638 trat Mercy in bayerische Dienste. Im Winter 1640/41 gelang es ihm, einen Vorstoß schwedischer Truppen unter Johan Banér nach Bayern aufzuhalten.
1642 wurde Franz von Mercy durch Fürst Ludwig I. von Anhalt-Köthen in die Fruchtbringende Gesellschaft aufgenommen. Durch diesem wurde ihm der Gesellschaftsname der Anzeigende und das Motto das Leiden verliehen. Als Emblem wurde ihm die Passionsblume (Passiflora Ligularis) zugedacht. Im Köthener Gesellschaftsbuch findet sich Mercys Eintrag unter der Nr. 364. Dort ist auch das Reimgesetz verzeichnet, mit dem er sich für die Aufnahme bedankt:
Am 24. November 1643 besiegte Mercy gemeinsam mit Johann von Werth und Karl IV. von Lothringen in der Schlacht bei Tuttlingen ein französisches Heer unter Josias Rantzau. Im Jahre 1644 befreit eine Chur-Bayerische-Reichs-Armada unter Mercy und Jan van Werth die Stadt Freiburg von französischer Besatzung und schlägt anschließend in der Schlacht am Lorettoberg die vereinigten Heere von Turenne und Condé. Einen weiteren Sieg über ein französisches Heer konnten Mercys Truppen am 5. Mai 1645 in der Schlacht bei Herbsthausen erkämpfen. Am 3. August 1645 stellten sich Mercy und Werth den Franzosen unter Condé und Turenne in der Schlacht bei Alerheim. Unter den schätzungsweise 8.000 Menschen, die in dieser Schlacht getötet wurden, befand sich auch Mercy. Eine Musketenkugel hatte seinen Kopf zerschmettert.