Als eine Hypothese (altgriechisch ὑπόθεσις (hypóthesis) - die Unterstellung, Voraussetzung, Grundlage) bezeichnet man eine Aussage, deren Gültigkeit bloß vermutet wird, die aber im Gegensatz zu einer Spekulation nicht nur widerspruchsfrei und in Übereinstimmung mit dem allgemeinen Wissen steht, sondern auch begründet werden kann. Für Hypothesen ist es üblich, dass die Bedingungen angegeben werden, unter denen sie gültig sein sollen.
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In den empirischen Wissenschaften haben Hypothesen den Status einer Annahme, die üblicherweise nach dem deduktiv-nomologischen Modell überprüft werden. Dabei werden beobachtete Daten auf die Hypothese angewendet und damit verglichen, ob die Ergebnisse mit den tatsächlich beobachteten Ereignissen übereinstimmen. Ist die Übereinstimmung gegeben, wurde die Hypothese bestätigt und die zugrunde liegende Theorie, die neben der Hypothese auch die Prämissen und die Versuchsanordnung beinhaltet, hat sich bewährt. Man spricht hier auch von Verifikation. Hypothesen, die keiner empirischen Überprüfung unterzogen werden können, gelten nicht als wissenschaftlich (siehe Falsifizierbarkeit).
Hypothesen dienen entweder der Erklärung schon bekannter Tatsachen oder als Prämissen allgemeiner empirischer Gesetzesaussagen. Da empirische Gesetze nur durch eine endliche Anzahl von Beobachtungen bestätigt werden können (siehe Induktion), können solche Aussagen nicht als endgültig bewiesen, sondern nur als bewährt betrachtet werden.
Werden Hypothesen als vorläufige Annahmen formuliert, um die möglichen Grundannahmen einer noch aufzustellenden Theorie zu überprüfen, spricht man von Arbeitshypothese.
Können mehrere Hypothesen ein Ereignis erklären, kann durch den Schluss auf die beste Erklärung eine Hypothese vor einer rivalisiertenden Hypothese ausgezeichnet werden.
In einem logischen Gespräch ist eine Hypothese die Prämisse eines Arguments, deren Wahrheit zunächst ausgeklammert wird. Dabei wirken Hypothesen als Implikationen, die der Verteidigung einer These dienen. Formal:

Ist die These (die Konsequenz A) unter Annahme der Hypothesen gültig, müssen die einzelnen Hypothesen überprüft werden.
In der Mathematik bezeichnete Hypothese ursprünglich die unbewiesenen Grundlagen oder allgemeinen Prinzipien, aus denen die mathematischen Sätze abgeleitet werden. Da diese Prinzipien als Axiome verwendet werden, gilt für sie nicht das Kriterium der Wahrheit. Sie sind gesetzt. Die mit ihnen verbunden Schlussfolgerungen sind deduktiv.
Bei der statistischen Hypothese, die mit einer bestimmten Wahrscheinlichkeit falsifiziert werden kann, wendet man statistische Tests an. Siehe auch: Statistik, Fehler 1. und 2. Art
Platon behandelte das Thema der Hypothese mehrfach, so auch in seinem Dialog Phaidon (100 a):
Charles S. Peirce bezeichnete den Schluss von einem Ereignis unter Annahme einer Regel auf einen Fall als eine Hypothese, die eine eigene Schlussweise neben Induktion und Deduktion darstellt. Sehe ich zum Beispiel Rauch und gehe von der Regel aus „Wo Rauch ist, ist auch Feuer“ komme ich zu dem Schluss „Dort ist Feuer“. Die Schlussweise der Hypothese ist logisch nicht eindeutig. (siehe auch Abduktion).
Der Philosoph und Wissenschaftler Henri Poincaré unterschied drei Arten von Hypothesen:
Joint-Hypothese, Gaia-Hypothese, Savannen-Hypothese, Anatolien-Hypothese, Wobble-Hypothese, Kurgan-Hypothese, Frustrations-Aggressions-Hypothese, Balto-slawische Hypothese, Sapir-Whorf-Hypothese, Drei-Sektoren-Hypothese, Ein-Gen-ein-Enzym-Hypothese
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