Jörg Peter Kotthaus (* 29. Mai 1944 in Gräfenthal) ist ein deutscher Physiker. Schwerpunkte seiner wissenschaftlichen Arbeit sind die Bereiche der Experimentellen Festkörperphysik, der Halbleiterphysik und der Nanotechnologie. Seit 1989 ist er Professor an der Fakultät für Physik der Ludwig-Maximilians-Universität München.
Kotthaus wurde als Sohn des Kaufmanns Erich Kotthaus und dessen Ehefrau Annemarie (geb. Leistenschneider) geboren. Nach seinem Abitur 1963 in Düsseldorf nahm er an der Technischen Universität München ein Studium der Physik auf, das er 1969 mit dem Diplom abschloss. 1972 erwarb er an der University of California in Santa Barbara den Grad eines Ph. D..
Nach seiner Rückkehr nach Deutschland arbeitete er von 1973 bis 1978 als wissenschaftlicher Assistent an der TU München, wo er sich 1977 habilitierte. 1978 folgte er einem Ruf auf den Lehrstuhl für Angewandte Physik der Universität Hamburg. 1989 kehrte er nach München zurück und übernahm den Lehrstuhl für Experimentelle Physik an der Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU).
Kotthaus ist seit 1989 Fellow der American Physical Society. Von 1998 bis 2006 war er Sprecher des Center for NanoScience (CeNS) an der LMU.