Josef Anton Pfaffinger (* 19. Januar 1684 in Laufen; † 3. August 1758 in Salzburg) war ein Bildhauer.
Der Geburtsort Pfaffingers gehörte damals zum Fürsterzbistum Salzburg und liegt heute in Oberbayern. Auch sein Vater übte bereits das gleiche Kunsthandwerk aus. Als Geselle in Kremsmünster tätig, kam er 1716 nach Salzburg, wo er bis zu seinem Tod tätig war. 1718 bekam Paffinger die Bürgerrechte der Stadt. Er galt während seiner weiteren Arbeit als bekanntester und begabtester Bildhauer im Land Salzburg. Viele seiner Werke lehnen sich an bekannten älteren Vorbildern anderer Künstler an und variieren diese. Besonders die Werke seines Schwiegervaters Michael Bernhard Mandl waren häufig Vorbilder.
Oft besticht sein Werk durch hohe Ausdruckskraft und Lebendigkeit, vielfach aber ist seine Arbeit auch gekennzeichnet von bühnenmäßiger Theatralik und Sentimentalität. Nicht selten zeigt sich dabei auch ein zunehmender Verlust an Originalität.
Besonders häufig gestaltete Pfaffinger die damals populäre Figur des Heiligen Nepomuk, die er in vielen Variationen ausführte. Die Neptungruppe der Kapitelschwemme gestaltete er wesentlich nach Motiven von Georg Raphael Donner. Die Nepomuk-Statue am Leopoldkroner Weiher nimmt Mandels Philippus Benitus als Vorbild und auch der Petersbrunnen im Priesterhaus neben der Dreifaltigkeitskirche ist nach Motiven von Mandl gefertigt. Das Portal der Sebastiankirche ist nach Anton Danreiter ausgeführt. Bekannte Werke Pfaffingers sind auch der Heilige Florian des Brunnens am Alten Markt und viele Figuren der Kalvarienbergkapellen am Kapuzinerberg (am Weg zum dortigen Kloster). Pfaffinger starb hochgeehrt am 3. August 1758 in Salzburg.