Unter Konfiguration versteht man die räumliche Anordnung von Atomen eines Moleküls beziehungsweise dessen räumlichen Bau, wobei Drehungen um Einfachbindungen nicht berücksichtigt werden (dies wären Konformere).
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Zwei Moleküle mit derselben Konstitution besitzen eine unterschiedliche Konfiguration, wenn sie nicht durch Drehung um Einfachbindungen zur exakten räumlichen Übereinstimmung (Deckungsgleichheit der Moleküle) gebracht werden können. Kann der räumliche Bau eines Moleküls A durch Rotation um Einfachbindungen so verändert werden, dass sein räumlicher Bau dem eines Moleküls B entspricht, so besitzen die Moleküle A und B die gleiche Konformation.
Besitzen zwei Moleküle die gleiche Konstitution, also dieselbe Reihenfolge in der Verknüpfung der Atome, aber einen unterschiedlichen räumlichen Bau, so handelt es sich um Konfigurationsisomere. Alle Stereoisomere, außer den Konformeren, sind Konfigurationsisomere. Beispiele sind also cis-trans-Isomere oder Enantiomere.
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