Die Krankenhausseelsorge ist die spezielle Seelsorge christlicher Kirchen innerhalb von Krankenhäusern. In Deutschland wird diese Form der Seelsorge in der Regel von Pfarrerinnen und Pfarrern oder anderen hauptamtlichen Mitarbeitern ausgeübt. Sie richtet sich an die Patienten und Mitarbeiter der Krankenhäuser.
Die Krankenhausseelsorge ist mit vielen Weiterbildungen verbunden, da das Themengebiet sehr umfangreich ist. Die Krankenhausseelsorge erfordert eine dem Spezialgebiet und den Anforderungen entsprechende Ausbildung und Supervision. Spezielle pastoralpsychologische Seminare, die sich der Krankenhausseelsorge widmen, sind inzwischen für Absolventen des Diplomstudiengangs katholische Theologie in Deutschland obligatorischer Bestandteil der Ausbildung.
In Deutschland ist die Krankenhausseelsorge („Anstaltsseelsorge“) in der Verfassung garantiert (Art. 140 GG i.V.m. Art. 141 WRV). Es handelt sich um eine gemeinsame Aufgabe von Staat und Religionsgemeinschaften, also eine sog. res mixta.