Muhammad II. al-Husain († 1859) war von 1855 bis 1859 Bey von Tunis.
Muhammad II. trat die Nachfolge von Ahmad I. al-Husain (1837-1855) an, unter dem die Modernisierung des Landes eingesetzt hatte. Er bemühte sich vor allem um den Ausbau der Infrastruktur und ließ Straßen und Brücken ausbauen und die erste Telegrafenleitung in Tunesien verlegen. Auch wurde ein römisches Aquädukt restauriert um die Wasserversorgung von Tunis zu verbessern. Auch wenn versucht wurde, diese Maßnahmen durch erhöhte Steuern zu finanzieren, stieg die Staatsverschuldung doch weiter an. Dadurch geriet das Land zunehmend in die Abhängigkeit ausländischer, vor allem französischer Banken.
Die bedeutendste Handlung von Muhammad II. war der Erlass des „Fundamental-Akt“ in dem allen Tunesiern die bürgerlichen Rechte zugesichert wurden und Privilegien und private Monopole aufgehoben wurden. Darüber sollte ein „Hoher Rat“ aus 60 Mitgliedern, mit kontrollierenden und richterlichen Befugnissen, die Macht des Beys etwas einschränken. Die Umsetzung dieser Reform stieß allerdings auf erheblichen Widerstand in der Bevölkerung. Nachfolger Muhammad II. wurde Muhammad III. al-Husain (1859-1883).