Pathogen (griechisch pathos = Leid(en), Krankheit; gennan = (er)zeugen) bezeichnet die Eigenschaft eines Objekts, als Krankheitserreger zu wirken. Den Menschen betreffende Krankheitserreger werden als humanpathogen, Pflanzen betreffende als phytopathogen, keine Krankheiten auslösende Erreger als apathogen und nur fallweise Krankheiten verursachende Keime als fakultativ pathogen bezeichnet.
Die Idee der Pathogenität von Mikroorganismen entstand zum Ende des 18. Jahrhunderts hin. In dieser Zeit wurde der Streit zwischen Kontagionisten, also Vertretern der Idee der ansteckenden Krankheiten, und Antikontagionisten zugunsten ersterer entschieden. Die Übertragbarkeit von Krankheiten durch pathogene Organismen wird schulwissenschaftlich nicht angezweifelt.
Seltener findet der Begriff Psychopathogenität, als Eigenschaft inhumaner Inhalte und Dogmen verschiedener Religionen und Ideologien, Verwendung. In Analogie zur Pathogenität, ist es ihre Eigenschaft 'krankheitserregend' dem Geist gegenüber zu wirken.