Als Proteolyse (von griechisch lysis - Auflösung) bezeichnet man den Abbau von Proteinen. Von Autoproteolyse spricht man, wenn sich ein Protein, beispielsweise eine Peptidase, selbst abbaut. Abhängig davon, wo die Proteolyse stattfindet, unterscheidet man:
Die bei der Proteolyse frei werdenden Peptide und Aminosäuren können zur Proteinbiosynthese wiederverwendet werden oder zur Energiegewinnung genutzt werden.
Der Organismus verwendet die Proteolyse auch zur Freisetzung von Peptiden und Proteinen aus Vorläufermolekülen (= limitierte Proteolyse), beispielsweise ADH und Neurophysin, zur Aktivierung von Proenzymen oder zur posttranslationalen Modifikation.