Im Zuge der Katholischen Reform berief Fürstbischof Johann Christoph von Westerstetten (1612/36) 1614 die Jesuiten nach Eichstätt und ließ ihnen - ob von dem Graubündner Baumeister Hans Alberthal oder/und von dem Jesuitenbruder Jakob Kurrer, ist umstritten - 1617/20 am Jesuitenplatz, dem heutigen Leonrodplatz, eine geräumige Wandpfeilerkirche mit Tonnengewölbe erbauen. Sie wurde beim Schwedensturm 1634 bis auf die Umfassungsmauern, die Chorwölbung und den 52 Meter hohen Turm zerstört, ebenso wie auch das benachbarte, in Nachfolge des "Collegium Willibaldinum" 1624/26 errichtete Jesuitenkollegium.
1661 erfolgte die Wiedereinwölbung der Renaissance-Kirche, 1717 im Barockstil die Stuckdekorierung und Freskenausschmückung unter der theologischen Gesamtthematik "Wirken der Engel im Heilsgeschehen", was zur Bezeichnung der Studienkirche als "Schutzengelkirche" führte. Das Hochaltargemälde stammt von Johann Evangelist Holzer.
In der Säkularisation konnte der vom staatlichen Administrator 1809 beantragte Abbruch der "alten baufälligen Kapelle" verhindert werden. Teilrestaurierungen erfolgten 1844 und 1908/10, eine Gesamterneuerung 1961/64. Nach einer neuen Fassadenfarbgebung im Jahr 2000 und der Neupflasterung des Leonrodplatzes erstrahlte die zwischenzeitlich zur Universitätskirche aufgewertete Schutzengelkirche mit ihren überaus zahlreichen Engelsdarstellungen (567 in Holzplastik, Stuck, Öl- und Freskomalerei) in neuer Pracht. Zahlreiche Schäden insbesondere an wichtigen Holzbauteilen machte und macht eine durchgreifende Innensanierung erforderlich, zu deren Finanzierung eine Sammelaktion unter dem Motto „567 Engel brauchen Hilfe“ ins Leben gerufen wurde, deren Schirmherrschaft der Bayerische Staatsminister für Unterricht und Kultus, Siegfried Schneider (CSU), übernahm.
"Die Schutzengelkirche ist ein überregional kultur- und kunsthistorisch bedeutender Sakralbau. Nach der Münchner St. Michaelskirche und der (nachweislich von Hans Alberthal erbauten)Dillinger Studienkirche steht sie in der historischen Abfolge der deutschen Jesuitenkirchen an dritter Stelle. Sie gehört zu den frühesten Jesuitenkirchen Deutschlands und steht in engem Zusammenhang mit den Missionsbestrebungen des damals noch jungen Jesuitenordens. Heute wird die Kirche vom Bischöflichen Seminar Eichstätt und der Katholischen Universität Eichstätt-Ingolstadt genutzt." (pde, Pressedienst der Diözese Eichstätt, vom 28.11.2006)