Der Stickstoffkreislauf oder Stickstoffzyklus ist die stetige Wanderung und geochemische Umsetzung des Bioelementes Stickstoff in der Atmosphäre, in Gewässern, in Böden und in Biomasse.
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Stickstoff wird benötigt, da er in allen Lebewesen Bestandteil von Aminosäuren in Proteinen und von DNA . Doch befindet sich der irdische Stickstoff (1015 Tonnen) zu 99 % in der Erdatmosphäre, von wo ihn nur spezielle Bakterien, insbesondere Cyanobakterien, Knöllchenbakterien, und – durch Symbiose mit derartigen Bakterien an bzw. in ihren Wurzeln – auch einige wenige Pflanzen aufnehmen können. Alle anderen Pflanzen und vor allem Tiere und Menschen sind auf den Stickstoffkreislauf in der Biosphäre angewiesen.
Dass dieser Kreislauf trotz seiner Engpässe funktioniert, zeigen Stoffbilanzen und Abschätzungen. Demnach wurde der verfügbare Stickstoff während der Erdgeschichte schon 900- bis 1000-mal von Lebewesen in ihren Körper eingebaut und wieder ausgeschieden, während er jedoch rund 900.000-mal ein- und ausgeatmet wurde.
Zum Vergleich: Der Luft- und ozeanische Sauerstoff der Erde wurde bisher rund 60-mal von der „Fabrik Leben“ benutzt, in Biomasse eingebaut und nach unterschiedlicher Zeit wieder durch Atmung oder andere Vorgänge ausgeschieden.
Hauptartikel: Nitrifikation
Zwei Gruppen von Bakterien, Nitritbakterien (z. B. Nitrosomonas) und Nitratbakterien (z. B. Nitrobacter), oxidieren in einem zweistufigen aeroben Prozess bei Energiegewinnung Ammoniak über die Zwischenstufe Nitrit zu Nitrat:

Pflanzen können zwar Ammonium (NH4+) assimilieren, bevorzugen aber Nitrat (NO3−), wobei der Boden nicht angesäuert wird.
Die anorganischen Stickstoffverbindungen Ammonium und Nitrat werden von Pflanzen und Mikroorganismen aufgenommen und zum Aufbau von Stickstoff-haltigen organischen Verbindungen, zum Beispiel Proteinen und Nukleinsäuren, verwendet.
Hauptartikel: Ammonifikation
Durch Primärproduzenten sowie Primär- und Sekundärkonsumenten (siehe Nahrungskette) wird ständig organisches Material in Form von Exkrementen sowie abgestorbener Materie freigesetzt. Diese enthält u.a. Stickstoff. Destruenten (Zersetzer wie Pilze und Bakterien) setzen diesen Stickstoff als Ammoniak (NH3) bzw. Ammonium-Ionen (NH4+) frei. Diese stehen dem Ökosystem wieder als anorganischer, von autotrophen Organismen (Pflanzen u.a.) verwertbarer Mineralstoff zur Verfügung.
Unter anoxischen Bedingungen können bestimmte Bakterien Nitrat als Oxidans anstelle von Sauerstoff (O2) für die Oxidation von organischen Stoffen oder elementarem Wasserstoff (H2) als Energie-liefernde Reaktion nutzen. Nitrat wird dabei zu Nitrit (NO2−) reduziert. Nitrit wirkt auf viele Organismen giftig.
Hauptartikel: Denitrifikation
Bestimmte Bakterien (denitrifizierende, fakultativ anaerobe Bakterien), z. B. Arten der Gattungen Pseudomonas, Paracoccus, Flavobacterium, können unter anoxischen Bedingungen Nitrat und auch Nitrit als Oxidantien für die Oxidation von organischen Stoffen oder H2 nutzen und auf diese Weise Energie gewinnen. Nitrat und Nitrit werden dabei über mehrere Zwischenstufen zu N2 reduziert. Aus Nitrat wird also durch diesen bakteriellen Prozess N2 gebildet, der zum großen Teil in die Atmosphäre entweicht.
Diese Umsetzungen im Stickstoff-Kreislauf bewegen insgesamt 250-300 Mio t pro Jahr, was erst ein Millionstel des Stickstoffs der Atmosphäre ausmacht. Der Luftstickstoff ist aber "fest" gebunden, weil er reaktionsträge ist, daher bewirken die im Vergleich zu den verfügbaren Anteilen erheblichen Emissionen von Stickoxiden aus Verbrennungen (besonders Kraftfahrzeuge) und von Ammoniak aus Massentierhaltung massive Umweltprobleme. Die verschiedenen N-O- und N-H-Verbindungen führen zur Eutrophierung (Überdüngung) von Böden und Gewässern, das Grundwasser wird durch Nitratauswaschung aus den Böden belastet, Stickoxide wirken darüber hinaus als Säurebildner ("Saurer Regen").
Der organisch gebundene Stickstoff, zum Beispiel in toter Biomasse, wird durch Destruenten in der tropholytischen Schicht zu Ammoniak (NH3) umgewandelt, das mit Wasser Ammonium-Ionen (NH4+) ergibt (NH3 + H2O → NH4+ + OH−).
Unter aeroben Verhältnissen oxidieren aerobe Bakterien das freigesetzte Ammoniak bei der Nitrifikation erst zu Nitrit (NO2−) und dann zu Nitrat (NO3−).
Liegen anaerobe Verhältnisse vor (zum Beispiel durch die Sauerstoffzehrung aerober und fakultativ anaerober Mikroorganismen) können bestimmte anaerobe Bakterien Nitrat über Nitrit zu Ammonium reduzieren. Dieser Vorgang wird als Nitratammonifikation bezeichnet. Andere Bakterien wandeln Nitrat bei der Denitrifikation zu Stickstoff (N2) um, indem sie es für ihren oxidativen Energiestoffwechsel als Oxidans verwenden. Das entstandene N2 wird freigesetzt und gelangt dadurch in die Atmosphäre.
In der trophogenen Schicht entzieht Phytoplankton Stickstoff aus dem noch vorhanden Nitrat und Ammonium für die Synthese körpereigener Stoffe, zum Beispiel Proteine. Dadurch wird also neue Biomasse produziert. Diese Biomasse gelangt nun in die Nahrungskette. Konsumenten 1. und 2. Ordnung geben das beim Abbau organischer Stoffe gebildete Ammoniak wieder in den Stickstoffkreislauf ab.
Zusätzlich binden einige Bakterien, zum Beispiel einige Arten von Cyanobakterien, elementaren Stickstoff N2 durch Reduktion zu NH3 (Stickstoff-Fixierung). Durch Absterben dieser Bakterien gelangt zusätzlich Stickstoff in den Kreislauf.
Der Stickstoffkreislauf ist nun geschlossen.
Behebung der Störungen