Wilfried Kruse (* 8. September 1939 in Lingen (Ems)) ist ein lutherischer Theologe und langjähriger Hamburger Hauptpastor.
Der Sohn eines lutherischen Pastoren wurde im überwiegend katholischen Emsland geboren und machte im Jahre 1961 das Abitur in seiner Heimatstadt Lingen (Ems). Von 1961 bis 1965 studierte er Theologie in Bethel, Marburg, Heidelberg und Göttingen.
Im Jahre 1968 trat Wilfried Kruse in den Dienst der Evangelisch-lutherischen Landeskirche Hannovers ein und übernahm eine Pfarrstelle in Tostedt im Landkreis Harburg südlich von Hamburg. Im Jahre 1974 ging er als Gemeindepastor nach Osterode am Harz.
Ab 1980 war Wilfried Kruse im Sprengel Hamburg der Nordelbischen Evangelisch-lutherischen Kirche tätig, zunächst als Pastor in Hamburg-Rissen und von 1998 bis 2002 als Hauptpastor an St. Petri in Hamburgs Mitte. In den Jahren 1993 bis 1999 war Kruse zusätzlich Propst im Kirchenkreis Alt-Hamburg.
Im Jahre 2002 trat Wilfried Kruse, der übrigens ein Bruder des langjährigen Berliner Bischofs Martin Kruse ist, in den Ruhestand. Sein Nachfolger wurde Christoph Störmer.
Kruse tat sich als besonders rühriger Gemeindepastor hervor und beeindruckte durch seinen Einsatz für die Hamburger St.-Petri-Kirche: so sammelte er seinerzeit mit viel Fantasie und persönlichem Engagement fast 3 Millionen Mark zur Wiederherstellung der desolaten Gebäudesubstanz besonders des Turms von Hamburgs ältester Bürgerkirche.