[371] Seyß-Inquart nahm an den letzten Phasen der Nazi-Intrige, die der deutschen Besetzung voranging, teil und wurde unter dem Druck deutscher Invasionsdrohungen zum österreichischen Kanzler ernannt.
Am 12. März 1938 traf Seyß-Inquart Hitler in Linz und hielt eine Ansprache, in der er die deutschen Truppen willkommen hieß und sich für eine Wiedervereinigung Deutschlands mit Österreich einsetzte. Am 13. März bewirkte er die Annahme eines Gesetzes, demzufolge Österreich ein Teil Deutschlands werden sollte, und löste Miklas, den Präsidenten Österreichs ab, da Miklas lieber zurücktrat, als dieses Gesetz zu unterschreiben. Am 15. März wurde Seyß-Inquarts Titel in »Reichsstatthalter für Österreich« umgewandelt und am gleichen Tage wurde ihm der Rang eines SS-Generals verliehen. Am 1. Mai 1939 wurde er Reichsminister ohne Geschäftsbereich.
Am 11. März 1939 stattete er dem slowakischen Kabinett in Preßburg einen Besuch ab und veranlaßte es, seine Unabhängigkeit in einer Weise zu erklären, die gut zu Hitlers Angriff auf die Unabhängigkeit der Tschechoslowakei paßte. Als Reichsstatthalter in Österreich führte Seyß-Inquart die Beschlagnahme jüdischen Eigentums durch. Unter seinem Regime wurden die Juden gezwungen, auszuwandern, sie wurden in Konzentrationslager geworfen und Pogromen ausgesetzt. In der Endphase seines Regimes arbeitete er mit der Sicherheitspolizei und dem SD zusammen, um die Deportation der Juden von Österreich nach dem Osten durchzuführen. Während er Reichsstatthalter von Österreich war, wurden politische Gegner der Nazis durch die Gestapo in Konzentrationslager geschafft, mißhandelt und oft getötet.